در زمان ثبت عنوان در سامانه پژوهشیار، دانشجویان می‌توانند موضوع آزاد را انتخاب نمایند و یا از میان زمینه‌های پژوهشی موجود در سامانه پژوهشیار، یک زمینه پژوهشی را انتخاب نموده و موضوع پایان نامه/رساله خود را ذیل آن زمینه پژوهشی تعریف نمایند.
اهمیت انتخاب زمینه علمی از میان زمینه‌های علمی موجود در سامانه پژوهشیار این است که اساتید می‌توانند نیمی از ظرفیت خود را به موضوعات غیر کاربردی (خارج از زمینه‌های پژوهشی در برنامه‌های علمی) اختصاص دهند.
شرایط اعمال ظرفیت تشویقی برنامه‌های علمی: چنانچه دانشجویی از زمینه‌های پژوهشی موجود در سامانه پژوهشیار اقدام به انتخاب کرده باشد، پس ازکسب تطابق با برنامه علمی (توسط شوراهای حوزه دانشی برنامه‌های علمی انجام می‌شود)، ظرفیت تشویقی برای استاد در سامانه لحاظ می‌شود:
الف) اگر دانشجو دارای یک استاد راهنما/مشاور باشد، ظرفیت 0.75 از استاد(ان) اشغال می‌شود.
ب (اگر دانشجو دارای دو راهنما/مشاور باشد، ظرفیت 0.4 از استاد(ان) اشغال می‌شود.
